Фамилия Мишенина звучит как отчество, но с неожиданным поворотом. Обычно суффикс -ин указывает на имя отца: Мишин — сын Миши. Здесь же форма словно «застыла» в женском роде, хотя носительницей могла быть и женщина, и мужчина. В старинных документах и переписях женский вариант фамилии часто записывали за женой или вдовой, даже если речь шла о главе семьи. Поэтому Мишенина — это не «дочь Мишени», а скорее архаичная форма, закрепившаяся за родом.

Основа фамилии — просторечная форма крестильного имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «богоравный», но в повседневной жизни Руси XVII–XIX веков полное имя звучало слишком торжественно. Оно оставалось достоянием церковных книг и официальных бумаг, а в быту использовали краткие варианты: Михайла, Михайло или Миша. Имена Михаил и его производные в ту пору были настолько частыми, что от них образовалось целое «гнездо» родственных фамилий: Мишин, Мишагин, Мишенин, Мишуткин и другие.

Интересно, что по подсчетам лингвиста Б. Унбегауна, фамилии от имени Михаил в Петербурге 1910 года занимали пятое место по распространенности, уступая только Ивановым, Васильевым, Петровым и Смирновым. Это показывает, насколько массовым было имя-основа. Впрочем, сама фамилия Мишенина встречается реже своих «братьев» — она сохранила более редкую модель с суффиксом -енин, который обычно присоединялся к основам на -а или -я, но здесь закрепился как вариант.

Закрепление фамилий в среде богатых людей началось уже в XV–XVI веках, когда обозначение принадлежности к конкретной семье стало передаваться из поколения в поколение. Мишенины, судя по форме, могли происходить из северных или центральных регионов России, где такие «женские» окончания встречались чаще. Сегодня фамилия не указывает на род занятий предков — она чисто патронимическая, то есть отвечает на вопрос «чьи вы будете?» — Мишенины, то есть потомки некоего Миши или Михайлы.