Фамилия Мышенский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную основу. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ин, суффикс -ский указывает на связь с местностью: так называли дворян по названию имения или выходцев из определённого села. В данном случае основа «Мышен-» восходит к топониму Мышенка, Мышино или Мышенское. Такие названия разбросаны по центральной России, но наиболее вероятный кандидат — село Мышенское в бывшей Тульской губернии. Если предок носил фамилию Мышенский, он, скорее всего, был либо помещиком, владевшим землёй в тех краях, либо крестьянином, переселившимся оттуда и записанным по месту выхода.

Разумеется, напрашивается параллель с мышью — животным, которое в русских говорах давало прозвища «Мышь» и «Мышенок». Однако модель образования фамилии от прозвища через притяжательный суффикс дала бы форму Мышин или Мышенков, а не Мышенский. Суффикс -ский в народной среде закрепился за теми, кто «с Мышенки», то есть из деревни Мышенки. Поэтому версия с прозвищем хоть и возможна теоретически (например, если основа «Мыша» или «Мышеня» легла в фамилию по типу «князь Мышенский» по аналогии с прозвищными княжескими фамилиями), но менее убедительна: для неё нет надёжных исторических примеров.

В документах XVIII–XIX веков фамилия встречается в основном в Тульской, Калужской и Рязанской губерниях — как раз в зоне распространения села Мышенского. В дворянских родословных книгах Мышенские не значатся, что указывает на однодворческое или мещанское происхождение. Однодворцы — потомки мелких служилых людей, охранявших южные границы, — часто носили фамилии на -ский, образованные от названий своих деревень.

Необычность фамилии в том, что она сохранила редкую основу: топоним «Мышенка» мог означать либо «речка, где водятся мыши», либо «мышиный овраг», но в любом случае это не уменьшительное от «мышь», а реальное географическое имя. Сегодня Мышенские встречаются редко, в основном на юге России и в Москве, что подтверждает миграцию из центральных областей.