Фамилия Мышенцев — редкий пример, где прозвище образовано не от мыши, а от человека. Вопреки первому впечатлению, основа здесь — не мелкий грызун, а древнерусское нецерковное имя Мышеня. Такие имена от названий животных (Волк, Заяц, Медведь) были распространены на Руси до XVII века и выполняли роль оберегов: считалось, что «мышиная» суть отпугнёт злых духов от ребёнка.

Суффикс -ев- указывает на стандартную патронимическую модель: Мышенцев буквально значит «сын Мышеня». Формант -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий согласный или — в данном случае — на -я. Если бы прозвище звучало как Мышь, фамилия стала бы Мышев, но здесь именно уменьшительно-ласкательная форма Мышеня, как Соболеня или Котеня. Такие «детские» имена давали не только младенцам, но и взрослым невысокого роста или юркого нрава.

Встречается фамилия почти исключительно в центральной России и Поволжье, с заметным сгущением в бывшей Рязанской губернии. По переписям XIX века Мышенцевы — преимущественно государственные крестьяне и мещане, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Интересно, что в писцовых книгах XVI века попадаются «Мышеня Фёдоров сын» — значит, прозвище бытовало и как самостоятельное, не переходя сразу в фамилию.

Ошибочная версия, что фамилия связана с ловлей мышей или профессией мышелова, не выдерживает критики: промысловые прозвища образовывались иначе (Мышелов, Мышатник). Мышенцев — это именно «чей сын», а не «чем занимается». Так что предки носителя фамилии, скорее всего, были обычными крестьянами, а прозвище родоначальнику дали за внешность или характер — невысокий, шустрый, тихий, как мышь.