Фамилия Мышеев — редкий случай, когда основа угадывается с ходу, но её происхождение неочевидно. Первое, что приходит на ум — связь с мышью. Однако в русской ономастике прозвища, данные по мелким грызунам, встречаются, но нечасто и почти всегда с уничижительным оттенком: Мышонок, Мышкин. Суффикс -еев в фамилии Мышеев указывает на иную модель образования.

Ключ к разгадке — суффикс -еев. В русских фамилиях он чаще всего является фонетическим вариантом суффикса -ев после шипящих и ц (например, Кузнецов — Кузнечев, но это редкость). Стандартный же суффикс притяжательных фамилий от основ на мягкий согласный или -й — это -ев. Если бы фамилия была образована напрямую от слова «мышь», мы бы получили Мышев (как Григорьев от Григорий). Появление двойного «е» (Мышеев) говорит о том, что в основе лежало не существительное «мышь», а имя или прозвище на -ей.

Наиболее правдоподобная версия: фамилия Мышеев образована от нецерковного имени или прозвища Мышей. Такие имена с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ей (Васей, Петрей, Мышей) были распространены в русской деревне. Мышей — это не «маленькая мышь», а скорее ласкательное прозвище для подвижного, юркого человека, возможно, невысокого роста. Фамилия по такой модели означает «сын (или потомок) Мышея». Суффикс -еев здесь работает стандартно: Мышей → Мышеев.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В тюркских языках есть слово «мыш» (рог, мыс) или «мышей» (в значении «кошка» в некоторых диалектах). Однако для русского фамильного ареала такая основа нетипична, и фамилия Мышеев почти не встречается в татарских или башкирских списках, что делает эту гипотезу слабой.

Географически фамилия редкая, её очаги — центральные и северные регионы России, где сохранились древние нецерковные имена. Встречается она и в старомосковской письменности, но единично. Таким образом, предок носителя фамилии Мышеев, скорее всего, был человеком с прозвищем Мышей — юрким, быстрым или просто маленьким, чьё имя закрепилось в роду по стандартной модели русского фамилообразования.