Фамилия Мышейкина — женская форма фамилии Мышейкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: в русской традиции такие фамилии образовывали от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Основа «Мышейк-» — это уменьшительная форма от прозвища Мышей или Мышь. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого в быту звали Мышейкой.

Корень «мыш-» прозрачен, но не спешите думать, что предка дразнили за робость или любовь к грызунам. В русских говорах слово «мышь» имело и переносные значения: так могли называть невысокого подвижного человека, вора-домушника («мышкает» — тайком пробирается) или даже кошку-мышеловку. В ономастике известна фамилия Мышкин, и Мышейкин — её вариант с другим суффиксом. Разница в том, что суффикс -ейк- (вместо более распространённого -к-) встречается реже и подчёркивает именно прозвищный характер: Мышейка — это не просто «маленькая мышь», а конкретное ласкательное или ироничное прозвище.

Документальных упоминаний фамилии в ранних письменных источниках мало. Скорее всего, она бытовала в центральных и северных губерниях России, где прозвища от названий животных были особенно часты. Социальный состав носителей мог быть разным: от крестьян до посадских людей, но без привязки к дворянству. Фамилия не получила широкого распространения и осталась редкой — это характерно для прозвищных фамилий, которые не перешли в массовые модели на -ов/-ев.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мышкин, Мышаков, Мышелов) показывает, что Мышейкин выделяется именно уменьшительной формой с оттенком ласкательности. Если Мышкин мог образоваться от христианского имени Мышь (встречается в старых святцах как прозвищное имя), то Мышейкин — более поздняя, бытовая форма, закрепившаяся в фамилии уже в XVIII–XIX веках. Таким образом, предок нынешних Мышейкиных, скорее всего, был человеком с прозвищем Мышейка — может, шустрым, невысоким или с какой-то особой приметой, связанной с мышью.