Фамилия Мишейкин — отчество второго порядка, образованное от имени или прозвища Мишейка. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Мишейкин, то есть сын Мишейки), а сама основа — это уменьшительная форма от имени Миша (разговорный вариант канонического Михаил). Таким образом, буквально фамилия означает «потомок Мишейки» — человека, которого в быту называли ласково или пренебрежительно Мишейкой.

Форма -ейка характерна для северо-западных и новгородских говоров, где такие суффиксы (Ванька, Петька, Мишка) часто заменялись на -ейка (Ванькей, Петькей, Мишей). В отличие от более распространённой фамилии Мишкин (от Мишка), Мишейкин — редкий вариант, сохранивший старую диалектную огласовку. Если Мишкин мог возникнуть в любом регионе, то Мишейкин с большой вероятностью указывает на происхождение предка из Псковской, Тверской или Новгородской губерний.

В основе лежит имя Михаил (др.-евр. «кто как Бог»), одно из самых частых на Руси. Однако в крестьянской среде Мишейкой могли прозвать не только по имени, но и по сходству с медведем: в народе медведя называли «Мишкой», «Михайлом», «Михайло Потапыч», а уменьшительное «Мишейка» могло закрепиться за косолапым, сильным или неуклюжим человеком. Прямых указаний на это нет, но параллель с фамилиями Медведев и Мишкин делает такую версию допустимой.

Сословно фамилия Мишейкин, скорее всего, крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков отчества на -ин были нормой для податных сословий, и Мишейкины не принадлежали к дворянству — иначе фамилия имела бы суффикс -ов или -ский. Встречаемость фамилии крайне низкая: по современным данным, она сосредоточена в центральных областях России и единично — в Поволжье.