Фамилия Мышонкова — одна из тех, где значение лежит на поверхности, но за кажущейся простотой скрывается важный нюанс. Основа здесь — «мышонок», детёныш мыши. Казалось бы, прозвище Мышонок давали человеку маленького роста, юркому, тихому или, наоборот, тому, кто «мышкует» — промышляет мелким воровством, таскает понемногу. Однако в русской ономастике есть и другая, более конкретная версия: Мышонком могли прозвать крестьянина, который пахал на лошади мышастой масти. Мышастый — это серый, пепельный цвет с характерным отливом, и коня такой масти называли мышонком. В условиях деревенского быта, где лошадь была главным кормильцем, прозвище по масти коня — явление распространённое.

Суффикс «-к-» в основе «Мышонк-» — не уменьшительно-ласкательный в современном смысле, а указание на принадлежность к роду. В древнерусской традиции «мышонок» — это не просто маленькая мышь, а детёныш, то есть сын человека по прозвищу Мышь. Получается цепочка: был некий Мышь (прозвище по цвету волос, по поведению или по занятию), его сына называли Мышонком, а внуков и правнуков — Мышонковыми. Окончание «-а» в фамилии Мышонкова — типичная русская женская форма, указывающая на то, что речь идёт о женщине или о семье в целом (в традиции «чьи будете?» — Мышонковы).

Географически фамилия редкая, но не единичная. Встречается в центральных регионах России, в частности в бывших владимирских и костромских землях, где диалектное слово «мышонок» в значении «серый, мышастый» было в ходу. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает бытовое происхождение прозвища. Дворянских гербов с такой фамилией не известно — она из тех, что «вышли из народа» и сохранили прямую связь с живой речью.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Мышкин, Мышаков, Мышаев — показывает, что Мышонкова стоит особняком. Если Мышкин чаще отсылает к мыши как к тотему или прозвищу взрослого человека, то Мышонков подчёркивает именно «сыновство» и конкретную уменьшительную форму, что делает её более «детальной» в смысловом плане. В современном русском языке фамилия звучит необычно и даже немного сказочно, но для предка-крестьянина это был просто способ отличить одного серого коня от другого.