Фамилия Мышонков — один из тех случаев, где корень настолько прозрачен, что сразу вызывает улыбку, но за очевидным значением скрывается неочевидная история. В основе лежит слово «мышонок» — детёныш мыши. Однако прозвище Мышонок вряд ли давали за любовь к грызунам или за мелкое воровство. Скорее всего, так называли невысокого, юркого, тихого человека, который умел незаметно появляться и исчезать. В русских говорах «мышонок» могло быть и ласковым прозвищем для младшего в семье, последнего ребёнка — по аналогии с «мышью», которой приписывали плодовитость.

Суффикс -ов- указывает на стандартную патронимическую модель: Мышонков буквально означает «сын Мышонка» или «потомок того, кого звали Мышонком». Форма на -ов, а не на -ин, здесь закономерна: слово «мышонок» — мужского рода, оканчивается на твёрдый согласный, поэтому присоединяется типовой суффикс принадлежности. Это отличает фамилию от, скажем, Мышонкин, которая была бы образована от прозвища Мышонка (женского варианта) или от матронима.

Географически фамилия редкая и точечная. По переписям XIX — начала XX века, Мышонковы встречались преимущественно в центральных губерниях России — например, в Рязанской, Тамбовской, частично в Смоленской. В некоторых регионах (например, на Урале) фиксировался вариант Мышонков с ударением на последний слог, что может указывать на местный диалектный акцент. В среде крестьян и мещан фамилия была единичной, не образовывала гнёзд — это говорит о том, что прозвище давалось не по роду занятий (мышкование, охота на мышей), а по индивидуальной черте.

Интересно, что у фамилии существует омонимичная, но этимологически иная форма — Мышанков. В говорах «мышанок» могло означать не просто мышонка, а «мышиный цвет» (серый, невзрачный) или даже растение-мышехвост. Однако для Мышонковых связь с животным остаётся основной версией, и она не требует натяжек. В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость: она не вошла в число типовых «звериных» фамилий вроде Волков или Зайцев, а осталась на периферии ономастикона.

Таким образом, Мышонков — фамилия-характеристика, возникшая в среде, где прозвища давали метко и без обид. Предок носителя был, скорее всего, человеком неприметным, подвижным и, возможно, младшим в семье — тем самым «мышонком», который вырос и оставил свой след в фамильном дереве.