Фамилия Мишонкова — женская форма фамилии Мишонков. В русской ономастике это редкий случай, когда суффикс -ов- соединяется с основой, оканчивающейся на -онк(а). Обычно фамилии на -онков образуются от прозвищ или имен с уменьшительным суффиксом -онк(а): Мишонка — это «маленький Миша». То есть в основе лежит каноническое имя Михаил, которое в народной речи сократили до Миша, а затем добавили ласкательный суффикс -онк(а), характерный для северных и центральных говоров. Так Мишонка — не просто Миша, а «Мишутка», «малыш Миша».

Словообразовательная модель проста: прозвище Мишонка → отчество Мишонков (чей сын? — Мишонков) → фамилия Мишонков. Женская форма Мишонкова, соответственно, принадлежит дочери или жене Мишонкова. Такие фамилии на -ов типичны для крестьянской и мещанской среды, где отчество закреплялось за целым родом.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых Мишин, Михайлов или Мишуков, фамилия Мишонков встречается редко и имеет чёткую географическую привязку. По данным переписей и метрических книг XIX века, основная масса носителей сосредоточена в бывших Вятской, Пермской и Костромской губерниях — как раз там, где уменьшительные формы на -онк(а) были в ходу. Встречаются и варианты написания: Мишонкова через «о» после «ш» — единственно верное, так как суффикс -онк- не меняется под ударением (ср. Мишонка, а не Мишёнка).

Споров о происхождении почти нет: все исследователи сходятся на имени Михаил. Альтернативная версия — от прозвища Мишон (человек, который «мишит», то есть медлит или путается) — слаба, так как глагол «мишить» в русских говорах не зафиксирован. Поэтому уверенно говорим: предки носителей фамилии Мишонковы — это потомки человека по прозвищу Мишонка, скорее всего, крестьяне или ремесленники из северных регионов России.