Фамилия Мишенкова почти наверняка происходит от уменьшительной формы крестильного имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «богоравный», но в повседневной жизни полное имя даже в XVIII веке оставалось достоянием церкви и торжественных документов. В быту же использовали краткие формы — Миша, Мишеня, Михайло и другие. Именно от формы Мишеня и пошла наша фамилия: суффикс -ен- указывал на ласкательное, «домашнее» обращение, а последующий -к- добавил ещё более фамильярный оттенок. Так Мишеня превратилось в Мишенку, а сын Мишенки, его потомок, становился Мишенковым.

Интересно, что уменьшительные формы имени Михаил в XVII–XIX веках были одними из самых частых в обиходе. За столетия они породили целое «гнездо» родственных фамилий — Мишин, Мишагин, Мишенин, Михайлов, — которое по употребительности заняло одно из первых мест. По подсчётам лингвиста Б. Унбегауна, подобные фамилии в Петербурге в 1910 году занимали пятое место, уступая только Ивановым, Васильевым, Петровым и Смирновым. Так что Мишенковы — часть огромной семьи, ведущей род от людей, которых в быту звали просто и тепло: Мишеня.

Форма Мишенкова — это женский вариант фамилии, указывающий на женщину, дочь или жену Мишенкова. Сама фамилия закрепилась за потомками человека, которого окружающие знали под ласковым прозвищем Мишенка. В документах такие имена-прозвища фиксировали как основу для будущей фамилии, и к XIX веку она окончательно оформилась в наследственном виде.