Фамилия Мишенкина — женский вариант фамилии Мишенкин, и её разговорный суффикс -ин указывает на принадлежность к главе семьи: «чей?» — Мишенкин, то есть сын, дочь или вдова Мишенки. Основа фамилии — неканоническое имя или прозвище Мишенка, которое, в свою очередь, образовано от слова «мишень». В отличие от большинства фамилий, восходящих к крестильным именам (Иван → Иванов), здесь корень — предметный, связанный с занятием или характером человека.

Самая прямая версия: Мишенкой в старину могли прозвать меткого стрелка — лучника или мастера, который делал мишени для стрельбищ. На Руси стрельба из лука долго оставалась и военным навыком, и народной забавой, так что прозвище могло закрепиться за человеком, который редко промахивался. Менее вероятно, хотя и возможно, что Мишенка — это уменьшительная форма от имени Михаил (через Миша → Мишенка), но тогда фамилия звучала бы как Мишенков, а не Мишенкин: суффикс -енк- типичен для украинской и южнорусской традиции, а -ин — для северных и центральных областей. Поэтому связь с Михаилом слабее.

Географически фамилия Мишенкина встречается в основном в Поволжье и центральных регионах России, особенно в Пензенской, Саратовской и Нижегородской областях. Это не дворянская фамилия — суффикс -ин в сочетании с прозвищной основой типичен для крестьянского и мещанского сословия. В документах XVI–XVII веков такие фамилии часто фиксировались как отчества: «Ивашко Мишенкин сын» — то есть сын человека по прозвищу Мишенка.

Интересная деталь: фамилия Мишенкин могла писаться через «ё» — Мишёнкин, но в современном написании буква «ё» почти всегда заменяется на «е». Это стоит учитывать при поиске в архивах, где форма с «ё» встречается чаще, чем в паспортах.