Фамилия Мишенькина образована от уменьшительной формы мужского крестильного имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «подобный Богу», а Мишенька — ласковая, домашняя форма, которую использовали в быту. Такого рода «домашние» имена часто становились основой фамилий, и это сразу многое говорит о социальном контексте: скорее всего, основатель рода был человеком из простого сословия, где не было принято звать людей по полному церковному имени.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а, и указывал на принадлежность. То есть Мишенькин буквально означает «сын Мишеньки», «тот, кто из семьи Мишеньки». Такой тип фамилий массово складывался в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали переписывать и закреплять за ними родовые прозвания.

Интересно, что форма Мишенька — не просто уменьшительная, а именно народная, разговорная. В отличие от книжного Михаил или нейтрального Миша, она несёт оттенок теплоты и даже некоторой фамильярности, что ещё раз подтверждает: фамилия родилась не в дворянской среде, а в гуще простого народа. Потомок человека по имени Мишенька со временем и получил фамилию Мишенькин.

В русской ономастике такая модель хорошо известна: от уменьшительных имён образованы, например, Мишенин, Мишутин, Мишагин. Фамилия Мишенькина встречается заметно реже, что делает её более локальной и конкретной. Если судить по распространению, такие формы чаще фиксировались в северных и центральных русских говорах, где любили ласкательные варианты имён с суффиксом -еньк-.

Отдельно стоит сказать о написании: в женском роде фамилия звучит как Мишенькина, в мужском — Мишенькин. Ударение в большинстве случаев падает на второй слог, хотя в некоторых семьях можно услышать и иной вариант — это уже следы местных говоров. Сама фамилия не дворянская, не книжная, а именно народная, и в этом её ценность: она сохранила живую речь тех, кто её носил.