Мужское крестильное имя Михаил в переводе с древнееврейского означает «подобный Богу». В основу фамилии легла производная форма этого имени – Мишенька. Скорее всего, основатель рода Мишенькиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишенька, со временем получил фамилию Мишенькин.