Фамилия Мишеньков — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, образованное от слова «мишень». В старину «мишенью» называли не только цель для стрельбы, но и нечто, на что указывают, на что обращают внимание. Так могли прозвать человека заметного, приметного, возможно, того, кто служил мишенью для насмешек или, наоборот, выделялся внешне. В говорах слово имело и переносное значение — «неудачник», «тот, в кого целятся», но вряд ли прозвище давали с явно негативным оттенком: скорее, оно носило шутливый или описательный характер.

Суффикс -к- в основе «Мишеньк-» уменьшительно-ласкательный, что характерно для прозвищ, закреплявшихся в быту. От «Мишенька» (уменьшительной формы прозвища Мишень) с помощью патронимического суффикса -ов и образовалась фамилия. Модель проста: прозвище → уменьшительная форма → отчество в родительном падеже («чей?» — Мишеньков). Это указывает, что родоначальника звали Мишенька, и именно так его называли в своей среде.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Это регионы, где охота и стрельба из лука были распространены, а слово «мишень» входило в активный словарь. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и однодворцев с такой фамилией — сословие было преимущественно крестьянским, хотя не исключены и служилые люди, связанные с военным делом.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: от имени Михаил через просторечную форму Мишень. Но тогда фамилия должна была звучать как Мишенькин или Мишинков, а суффикс -к- в таком случае необъясним. Слово «мишень» как основа выглядит убедительнее, тем более что однокоренные фамилии (Мишенев, Мишенин) встречаются, но Мишеньков стоит особняком из-за редкого сочетания суффиксов.

Таким образом, предки Мишеньковых — скорее всего, крестьяне или мастеровые, получившие прозвище за приметность или особенность характера. Фамилия не имеет аристократического звучания, но сохранила живую связь с русским бытовым языком, где «мишень» была не только военным термином, но и метким словом для описания человека.