Фамилия Мишенковы входит в большое «гнездо» русских фамилий, образованных от имени Михаил. В основе лежит крестильное имя, которое в переводе с древнееврейского означает «богоравный». Однако полная форма имени даже в XVIII веке оставалась достоянием церкви и торжественных документов. В повседневной речи использовали краткие варианты: Миша, Мишеня, Михайло и другие. Именно от уменьшительной формы Мишеня и пошла эта фамилия.

Модель образования здесь — патронимическая с суффиксом -ов, который в данном случае присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный. Это типичный способ закрепить прозвище или имя отца за его потомками: сын Мишени становился Мишенковым. Похожим образом устроены фамилии Мишин, Мишенин, Мишагин, Мишуткин — все они выросли из одного корня, но каждый зафиксировал свою, отдельную форму имени.

Уменьшительные формы имени Михаил в XVII–XIX веках были одними из самых частых в обиходе. За столетия они породили целый пласт родственных фамилий, который занял одно из первых мест по употребительности. По наблюдениям Б. Унбегауна, фамилии этого ряда в Петербурге в 1910 году занимали пятое место, уступая только Ивановым, Васильевым, Петровым и Смирновым. Так что Мишенковы — часть большой семьи, чьи предки носили одно из самых распространённых на Руси имён.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Ясно одно: предок Мишенковых был человеком по имени Мишеня — так ласково или буднично звали Михаила. Фамилия закрепилась за его потомками и передавалась дальше уже без изменений.

Интересно, что суффикс -ков в сочетании с мягкой основой встречается реже, чем привычные -ов или -ин, поэтому написание «Мишенков» выделяет фамилию даже среди однокоренных. Это не ошибка и не искажение, а закономерный результат того, как русская морфология приспосабливала имя к фамильной модели. В документах XIX века можно встретить и вариант «Мишенковъ» с твёрдым знаком на конце — так фамилия выглядела до реформы орфографии 1918 года.

Сословной принадлежности первых Мишенковых по самой фамилии не определить: её носили и крестьяне, и мещане, и служилые люди. В переписных книгах разных губерний фамилия встречается с XVII века, но систематически фиксируется уже в XVIII–XIX столетиях. Сегодня Мишенковы живут по всей России, и география расселения не даёт однозначной подсказки о прародине — фамилия распространена и в центральных областях, и в Поволжье, и в Сибири.