Фамилия Мышенков образована от имени собственного и относится к распространенному типу славянских фамилий. Основой фамилии Мышенков послужило мирское имя Мышь. Мирское имя Мышь образовано от названия зверька «мышь». Давая младенцу такое имя, как Мышь, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное, в данном случае мышь. Возможно и то, что в основе фамилии Мышенков лежит не имя, а прозвище Мышь. Мышью могли называть человека, который одевался в серую, спокойных цветов одежду. Однако не исключено, что основатель рода Мышенковых напоминал мышь по складу характера. Он мог отличаться скромным, тихим, спокойным нравом или же быть бережливым, обладать склонностью делать большие запасы. С мышью издавна было связано множество различных примет. Люди верили, что если мыши покидают дом, то быть пожару. Когда мышь прогрызала верхнюю корку у каравая, то считалось, что будет высокая цена на хлеб, если нижнюю — хлеб будет дешевым. Таким образом, именование Мышенко получил «маленький Мышь», то есть сын Мыши. Таким образом, фамилия Мышенков возникла под украинским влиянием. Фактически фамилия Мышенков представляет собой отчество второго порядка: Мышенковым прозвали сына Мышенко и внука Мыши. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мышь, со временем получил фамилию Мышенков. О точном месте и времени возникновения фамилии Мышенков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мышенков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.