Фамилия Мишонин — редкий случай, когда прозвищная основа и суффикс сразу указывают на географию. В ней слышен северный говор: суффикс -он-ин (-онин) характерен для русских фамилий, образованных от прозвищ на -оня. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мишóнин.

В основе лежит прозвище Мишоня. Это уменьшительная форма от имени Михаил (в народном произношении — Миша, Мишоня). Суффикс -оня в русских говорах часто придавал слову оттенок ласкательности или, наоборот, ироничной фамильярности. Сравните: Павлоня (от Павел), Степоня (от Степан). Таким образом, Мишоня — это «маленький Миша» или «Миша, которого зовут по-свойски».

Фамилия Мишонин — притяжательное прилагательное: «чей?» — Мишонин, то есть сын или потомок Мишони. По модели образования она близка к фамилиям типа Федюнин, Степанин, но с более редким суффиксом -онин (-онин), который в центральных областях почти не встречался. Встречаемость фамилии Мишонин — единичная, преимущественно в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае (куда переселялись северяне). Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми Русского Севера.

Версия о связи с диалектным словом «мишоня» (нечто мятое, неопрятное) маловероятна: такие прозвища обычно оставляли след в виде фамилий на -их/-ых (Мишаниных), а не на -ин. Поэтому основная и самая правдоподобная линия — от имени Михаил через форму Мишоня.