Фамилия Мишонков — наглядный пример того, как простое прозвище, пройдя через суффиксальную обработку, становится устойчивой родовой меткой. В основе лежит имя или прозвище Мишонок. Это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Михаил (в просторечии — Миша) с характерным для восточнославянской традиции суффиксом -онок/-ёнок. В древнерусском языке этот суффикс обозначал не только детёнышей животных (волчонок, лисёнок), но и молодых людей, детей: Мишонок — буквально «маленький Миша», сын Миши.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: прозвище Мишонок (или Мишонка) превратилось в Мишонков, то есть «чей?» — сын Мишонка. Суффикс -ов здесь работает как притяжательный, закрепляя родство по отцу. Такая схема типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ов и -ин складывались в XVI–XVII веках. В отличие от южнорусских фамилий на -енко, форма на -ов указывает на более раннюю фиксацию и принадлежность к великорусскому ареалу.

Стоит заметить, что форма Мишонков не единственная в своём роде. Однокоренные фамилии — Мишин, Мишанин, Мишуткин, Мишуков — расходятся по разным суффиксальным моделям, но все восходят к одному источнику. Мишонков выделяется именно редким суффиксом -онок, который в фамилиях встречается нечасто (сравните: Козлёнков, Волчонков). Это говорит о том, что прозвище закрепилось за конкретным человеком, скорее всего, молодым парнем, которого в округе знали как Мишонка — возможно, чтобы отличить от старших тёзок.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным регионам России, встречается в тверских, псковских, новгородских архивах, но никогда не была массовой. Социальный состав носителей, судя по историческим документам, — преимущественно крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «народное» происхождение. Таким образом, Мишонков — это фамилия-прозвище, которая честно рассказывает, что предок носителя был младшим в семье Михаилом или просто Мишей, которого ласково называли Мишонком.