Фамилия Мишнин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Мишнин — это «чей?» — сын или потомок Мишни. А вот что скрывается за самим именем Мишня, здесь возможны два варианта, и оба имеют под собой реальную почву.

Самое прямое объяснение: Мишня — это уменьшительная форма канонического имени Михаил. В русских говорах имя Михаил давало множество производных: Михей, Миша, Мишук, Мишутка, Мишня. Если фамилия пошла от этой основы, то предок носителя был просто Мишней — то есть Мишей, только в местном, диалектном варианте. Такие «усечённые» формы с суффиксом -ня (как Петря, Гришня, Ваня) были в ходу в северных и центральных губерниях.

Однако есть и вторая, более ремесленная версия. В некоторых говорах «мишня» — это не имя, а прозвище. Словом «мишня» могли называть медведя, но не напрямую, а через игру слов: от «мишка» (медведь) и суффикса, который давал оттенок неуклюжести или косолапости. Прозвище Мишня могли дать крупному, сильному человеку, возможно, охотнику на медведей или просто тому, кто походил на зверя повадками. В этом случае фамилия оказывается не крестильной, а прозвищной, и восходит к тотемным или описательным именам, которые на Руси нередко вытесняли церковные.

Географически фамилия Мишнин встречается не повсеместно, а тяготеет к северным и поволжским областям — Архангельской, Вологодской, Кировской, а также к Пермскому краю. Это косвенно подтверждает обе версии: и северное бытование уменьшительных имён на -ня, и традицию медвежьего промысла в этих краях. Встречаются однокоренные фамилии Мишнев, Мишняев, Мишуткин — все они образованы от разных диалектных вариантов того же имени или прозвища.

Таким образом, фамилия Мишнин — это либо «михайловский» след, спустившийся от церковного имени через народное сокращение, либо медвежье прозвище, закрепившееся в роду. Различить эти версии без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно, но обе они ведут в одну эпоху — в XVI–XVII века, когда на Руси активно формировались фамилии по отчествам и прозвищам.