Фамилия Мишненко отчетливо украинская по модели образования. Суффикс -енко в украинской ономастике — это указание на родство, чаще всего на сына: Мишненко буквально значило «сын Мишны». Основа Мишн- представляет собой усеченную или патронимическую форму от имени Михаил. В украинской и южнорусской народной среде имя Михаил давало множество производных: Миша, Мишко, Мишаня, а также Мишна — как ласкательная или обиходная форма.

Надо заметить, что фамилия эта не слишком частотная и имеет четкую региональную привязку. По данным статистических справочников, основная масса носителей Мишненко сосредоточена в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Сумской, а также в южных регионах России, куда шел активный переселенческий поток из Малороссии. Встречается она и в Беларуси, но уже как следствие поздних миграций.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Мишн- (от Мишна) добавляется типичный украинский суффикс -енко. Если бы фамилия формировалась в великорусских землях, мы бы увидели вариант Мишнин, Мишнов или Мишин. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был маркером казацкой старшины и мещанства, а затем распространился на все сословия Левобережной Украины. Поэтому предки Мишненко с большой вероятностью были запорожскими или слободскими казаками, крестьянами или мещанами из тех регионов.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить происхождение. Мишненко стоит в одном ряду с Мищенко, Мишковым, Мишакиным. Но если Мищенко — более массовая фамилия (от Мишка, Миша), то Мишненко сохранила более редкую и архаичную форму Мишна. Такие фамилии обычно возникали в конкретном селе или роде и не расходились широко, что и объясняет их относительную редкость сегодня.