Фамилия Мишнекова — редкий пример того, как русская по форме фамилия может скрывать балтийскую основу. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), и женское окончание -а, останется прозвище Мишнек. Именно оно и стало ядром фамилии, а сама модель образования — типичная для русских фамилий: от прозвища отца к его детям и внукам.

Чаще всего Мишнека связывают с латышским словом miesnieks — «мясник». В этом случае прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: так в старину называли человека по его ремеслу, и не обязательно самого мясника — иногда так дразнили того, кто торговал мясом или был груб в обхождении. Менее очевидная, но допустимая версия — литовский глагол mišti, то есть «смешивать, перемешивать». Тогда прозвище могло закрепиться за мельником, который смешивал сорта зерна, или за человеком, который сводил вместе людей, например сватом. В обоих случаях прозвище указывало на род занятий, что делает «профессиональную» версию самой убедительной.

Существует и третья гипотеза, но она заметно слабее. Мишнек иногда пытаются вывести из имени Михаил (в греческом — «богоравный»), ссылаясь на архангела Михаила, одного из самых почитаемых библейских персонажей. Однако фонетически Мишнек от Михаила далек: русские уменьшительные формы этого имени — Миша, Мишка, Михей, но не Мишнек. Поэтому версия с балтийским корнем выглядит правдоподобнее: она опирается на реальные слова живых языков, тогда как «михайловская» требует допущений.

Сама фамилия Мишнекова — форма женского рода; мужской вариант — Мишнеков. Такое окончание характерно для фамилий, которые закрепились в русской среде, но сам прозвищный корень выдает возможные контакты предков с балтийскими народами — латышами или литовцами. Это могло произойти в пограничных землях, где русские и балты веками жили бок о бок, или в результате переселений. Потомок человека по прозвищу Мишнек со временем получил фамилию Мишнеков, а его дочь или жена стала писаться Мишнековой — так эта фамилия и дошла до наших дней.