Фамилия Мишнина образована от мужского крестильного имени Михаил, которое в переводе с греческого означает «богоравный». В основу фамилии легла производная, уменьшительная форма имени — Мишня. Так в народе могли называть Михаила, причём имя это носило особый смысл: Архангел Михаил — главный архангел и самый почитаемый библейский персонаж, поэтому имя было широко распространено на Руси. Отсюда и множество фамилий, образованных от его разных форм: от полной — Михайлов, от уменьшительных — Мишин, Мишуткин, Мишенин и, в нашем случае, Мишнина.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мишнина — это «дочь или жена Мишни», а в более широком смысле — потомок человека, которого звали Мишней. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

Существует и вторая, менее распространённая версия происхождения. Согласно ей, фамилия восходит не к имени, а к прозвищу Мишня, в основе которого лежит украинское слово «мiшати» — «мешать». В этом случае прозвище относилось к числу «профессиональных» именований и указывало на род занятий человека: он мог быть поваром, тестомесом или кем-то, чья работа была связана с перемешиванием чего-либо.

Какая версия правдоподобнее? Первая. Имена всегда давали фамилиям более массовое начало, чем прозвища, тем более такие узкопрофессиональные. К тому же форма Мишня естественно ложится в ряд уменьшительных форм имени Михаил, тогда как связь с «мiшати» требует дополнительных допущений: прозвище должно было закрепиться именно в такой форме и именно в том регионе, где бытовало украинское слово. Для фамилии Мишнина, которая выглядит вполне общерусской, имя-основа выглядит убедительнее. Впрочем, полностью исключать прозвищную версию нельзя: в отдельных семьях фамилия могла возникнуть независимо, и тогда её значение для конкретного рода могло быть иным.