Мужское крестильное имя Михаил в переводе с греческого означает «богоравный». В основу фамилии легла производная форма имени — Мишня. Это имя носил Архангел Михаил — главный архангел, являющийся самым почитаемым библейским персонажем. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от прозвища Мишня, в основе которого лежит украинское слово «мiшати» - «мешать». В таком случае прозвище Мишня могло относиться к числу так называемых «профессиональных» именований, содержащих указание на род занятий человека: он мог быть поваром или тестомесом. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мишня, со временем получил фамилию Мишнина.