Фамилия Мишанкова — одна из тех, что образована не напрямую от имени, а через уменьшительно-ласкательную форму. В её основе лежит имя Мишаня — просторечный вариант имени Михаил. Суффикс -к- в имени Мишаня уменьшительный, а фамилия закрепилась в женской форме Мишанкова, то есть «дочь или жена Мишанки». Мужской вариант — Мишанков.

Словообразовательная модель здесь стандартная: от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я, прибавляется суффикс -ов (в женском роде — -ова). Это типично для русских фамилий XIX века, когда крестьяне и мещане получали фамилии по имени отца или деда. Мишанков буквально означало «принадлежащий Мишане» или «из семьи Мишани».

Интересно, что имя Мишаня не было официальным церковным — его использовали в быту. Поэтому фамилия Мишанкова могла возникнуть в среде, где человека звали не по святцам, а по домашнему прозвищу. В документах встречаются и варианты написания: Мишанков, Мишанкова, реже Мишаньков. Последнее указывает на мягкое произношение в говорах.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку Европейской России. В переписях XIX — начала XX века Мишанковы фиксируются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях. Это регионы, где имя Михаил было одним из самых распространённых, а уменьшительные формы на -аня (Мишаня, Ваня, Петря) дали множество фамилий.

Есть и другая, менее вероятная версия: что основа — не имя, а прозвище Мишаня от глагола «мишать» (мешать, путать). Но в русских говорах такое слово почти не зафиксировано, а имя Михаил встречается повсеместно, поэтому связь с ним считается основной.