Фамилия Мишанкина образована от имени Мишанка — уменьшительно-ласкательной формы канонического имени Михаил. В русской ономастике это типичная модель: суффикс -к- придавал имени бытовой, семейный оттенок, а окончание -а делало его склоняемым по женскому роду. Мишанка — то же, что Миша, но с отчётливо ласкательным оттенком, характерным для деревенского или мещанского обихода XIX века.

Основа фамилии — Мишанк-, к которой добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мишанкин, то есть сын или дочь Мишанки. В женском варианте — Мишанкина. Суффикс -ин в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, и чаще всего закреплялся за прозвищами и именами, оканчивающимися на -а или -я. По данным Б. Унбегауна, такие фамилии особенно распространены в северных и центральных регионах России, где личные имена в уменьшительной форме нередко становились основой фамильного прозвания.

Интересная деталь: фамилия Мишанкина фиксируется в нескольких вариантах написания — Мишанкин, Мишанкина, а также Мишенкин. Это объясняется живым произношением: в говорах безударная «а» после мягкого согласного могла звучать как «е». Человек, носивший прозвище Мишанка, мог быть записан в ревизских сказках как Мишанкин, а его сосед с тем же прозвищем — как Мишенкин. Такие расхождения — не ошибки писцов, а отражение местной фонетики.

Сословная принадлежность носителей фамилии не поддаётся однозначному определению. Мишанкины встречаются и среди крестьян (особенно в бывших владениях Строгановых на Урале), и среди мещан в уездных городах. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — она осталась в народной среде, где прозвища передавались по наследству без формального утверждения герба.