Фамилия Мышота — редкий случай, когда прозвище, данное человеку, почти наверняка не связано напрямую с мелким грызуном. В русском языке суффикс -ота характерен для слов, обозначающих качество или состояние: «красота», «доброта», «широта». Если применить эту модель к личному имени, прозвище Мышота могло означать «тот, кто похож на мышь» не в прямом, бытовом смысле, а как характеристика — тихий, незаметный, юркий человек. Такие прозвища давали в деревнях не столько за внешность, сколько за манеру поведения.

Менее очевидная, но лингвистически более интересная версия связывает основу с диалектным глаголом «мышать» — медлить, колебаться, или с «мышковать» — промышлять мелкую живность, охотиться. В этом случае Мышота — человек медлительный или, наоборот, удачливый охотник. Прямых параллелей с мышиным страхом тут нет, скорее — с образом жизни или промыслом.

Суффикс -ота в фамилиях встречается редко, чаще он остаётся в прозвищах, которые не закрепились в официальных документах. Сама фамилия Мышота — «непатронимическая»: она не отвечает на вопрос «чей?» (как Иванов), а сохраняет исходное прозвище в неизменной форме. Такие фамилии типичны для западных и южных регионов России, Украины и Белоруссии, где прозвищные фамилии без суффиксов -ов/-ин были нормой.

В словарях и ономастических справочниках фамилия не зафиксирована, что говорит о её крайней редкости. Скорее всего, она возникла в одной локальной местности и не распространилась широко. Если ваши предки носили фамилию Мышота, они могли быть выходцами из западнорусских губерний или украинских земель, где ценили меткие, образные прозвища.