Фамилия Мысниченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В украинской ономастике суффикс -енко исторически указывал на «сына» или «потомка»: Мысниченко — буквально «сын Мысника». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине, на Полтавщине и Черниговщине, где в XVII–XVIII веках происходила массовая фиксация казацких и крестьянских фамилий.

Основа фамилии — прозвище Мысник. Его происхождение неочевидно, и здесь возможны два основных пути. Первый: в украинских говорах «мисник» — это мастер, делающий миски, или же торговец посудой. Слово образовано от «миска» (чаша, плошка). Второй вариант: прозвище могли дать человеку, который часто повторял слово «мисль» (мысль), то есть задумчивому, рассудительному. В украинском языке «мисль» — женского рода, и прозвище Мысник могло закрепиться за философом или мечтателем. Оба варианта правдоподобны, но ремесленная версия (гончар или продавец мисок) встречается в украинских фамилиях чаще, так как прозвища по профессии были массовыми.

Стоит обратить внимание на чередование в корне: украинское «мисник» превратилось в русском написании в «Мысник» через «ы». Это типичная адаптация украинских фамилий в русском языке XIX века, когда «и» заменяли на «ы» для передачи твёрдого произношения. В дореволюционных записях фамилия могла писаться и как Мисниченко, и как Мысниченко.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительный контекст. Мысников (с русским суффиксом -ов) встречается в России, а Мысник — как самостоятельная фамилия на Украине. Мысниченко стоит в том же ряду, что и Гончаренко, Шевченко, Коваленко — все они образованы от названия ремесла или характерного признака. Социально предки Мысниченко, скорее всего, были свободными казаками или мещанами, так как крепостные на Украине часто не имели фамилий до середины XIX века, а фамилии на -енко фиксировались у тех, кто входил в реестры Войска Запорожского.

Географически фамилия Мысниченко сегодня встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX–XX веках. В архивах можно найти записи под фамилией Мысниченко в Полтавской губернии конца XIX века.