Фамилия Мысшаков образована от прозвища Мысшак, которое восходит к украинскому диалектному слову «мiсшак» — «мышелов». Так могли назвать человека, который промышлял ловлей грызунов: в крестьянском быту это занятие имело практический смысл, ведь мыши уничтожали зерно и портили припасы. Прозвище закреплялось за человеком либо как профессиональная характеристика, либо как ироничная оценка его «охотничьих» успехов. Потомки того, кто носил прозвище Мысшак, со временем получили фамилию Мысшаков.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе на -ак (Мысшак) добавляется патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность к роду: «сын Мысшака». По такому же принципу возникли фамилии Рыбаков, Ковалёв, Бортников — от прозвищ, называвших человека по роду занятий или характерной черте.

Интересно, что прозвище Мысшак — редкое. В отличие от распространённых «профессиональных» прозвищ вроде Кузнец или Плотник, ловля мышей не была ремеслом в полном смысле слова. Скорее это случайное, ситуативное прозвище, которое могло закрепиться за человеком после удачной «охоты» или, наоборот, из-за его особого умения избавлять дом от грызунов. Возможно, прозвище носило шутливый оттенок, но со временем утратило его и превратилось в нейтральную фамилию.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Ясно лишь, что фамилия Мысшаков — южнорусского или украинского происхождения, поскольку диалектное слово «мiсшак» бытовало именно в этих краях. Если предки носили её в форме Мысшаков, а не Мысшаченко или Мысшакевич, значит, род прошёл через великорусскую патронимическую традицию.

Фамилия Мысшаков — редкий памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе диалектное слово, которого уже нет в современном литературном языке, и напоминает о тех временах, когда прозвище могло закрепиться за человеком по самому неожиданному поводу.