Фамилия Мысьянов — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа — «Мысьян» — не встречается ни в древних русских именах, ни в распространённых прозвищах, что сразу заставляет искать нестандартное происхождение.

Скорее всего, в основе лежит слово «мысь» — диалектное название белки в ряде северных и сибирских говоров (от финно-угорского «misi»). Прозвище Мысь могли дать шустрому, юркому человеку, либо охотнику, промышлявшего белку. Суффикс -ян в русских фамилиях часто указывает на принадлежность или характерный признак (сравните: «бородян» — бородач, «губян» — толстогубый). Таким образом, Мысьян — «тот, кто похож на мысь» или «связанный с мысью». Фамилия Мысьянов, соответственно, означает «сын Мысьяна» или «из рода Мысьяновых».

Версия с тюркским корнем «мыс» (рог, выступ) маловероятна — суффикс -ьян для тюркских фамилий нехарактерен. Также не стоит путать фамилию с более частыми Мысиными или Мысовыми — у них совсем другая основа (от «мыс» или «мыса» — земельный надел).

Географически фамилия тяготеет к северным и уральским регионам России, где слово «мысь» было в ходу. Встречается она редко, в основном в единичных записях метрических книг XIX века. Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и мещане, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение прозвища.

Единственная сложность — фамилия могла возникнуть и от канонического имени Мисаил (в просторечии Мисьян, Мысьян), но это менее вероятно: имя Мисаил не было популярным в народе, а прозвище от животного — более живая и типичная модель для русских фамилий.