Фамилия Наберушкина — типичный случай, когда женская форма обманчива, а мужская прозрачна, но не сразу. Основа здесь — Наберушка, а фамилия образована по модели «-ин» от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Мужской вариант — Наберушкин. Суффикс -ушк- в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на уменьшительно-ласкательную или ироничную форму исходного слова. В данном случае это не имя, а прозвище, и его корень — «наберу».

Прямое значение прозвища Наберушка — «тот, кто набирает, собирает». Чаще всего так называли человека, который набирал что-то в большом количестве: воду, товар, долги, людей. В северных и центральных говорах «набирать» могло означать «нанимать, вербовать» — например, работников для баржи или артели. Поэтому предок-Наберушка мог быть подрядчиком, вербовщиком или просто запасливым крестьянином, который «набирал» припасы. Есть и другая версия, менее вероятная: в некоторых диалектах «наберуха» — это большая корзина или лукошко, и прозвище могли дать корзинщику или торговцу, который ходил с такой корзиной.

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. Суффикс -ушк- характерен для прозвищ, а не для канонических крестильных имён, и это указывает на бытовое, нецерковное происхождение. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и поволжских областях России — там, где в XIX веке была активна речная торговля и артельный труд. Наберушкины, скорее всего, не были помещиками: они либо вольные крестьяне, либо посадские люди, чьё прозвище отражало их занятие или характер.

В написании фамилии нет вариантов: ударение падает на второй слог — НаберУшкина. Сравните с однокоренными фамилиями: Наберухин, Наберов — они образованы от тех же корней, но с другими суффиксами. Наберушкин стоит особняком именно из-за ласкательного суффикса, который смягчает прозвище: это не «наборщик», а скорее «маленький сборщик» или «тот, кого так ласково дразнили».