Фамилия Набильский восходит к названию реки Набиль, которая протекает на Сахалине. Ее название образовано от искаженного нивхского слова «нга-биль», которое переводится на русский язык как «большие нерпы». По названию реки были именованы находящиеся здесь же залив, гора и поселок. Таким образом, можно предположить, что основатель рода Набильских родился или долгое время прожил на Дальнем Востоке. Однако существует и другая версия, согласно которой фамилия Набильский образована от арабского мужского имени Набиль – «благородный, знатный, известный».