Фамилия Набижанов — редкий пример тюрко-персидского именования, перешедшего в русскую фамильную форму. Её основа — составное мужское имя Набижан, которое распадается на две части: «Наби» (араб. пророк) и «жан» (перс. душа, жизнь). Вместе это можно перевести как «душа пророка» или «живой как пророк», но в бытовом употреблении имя чаще служило пожеланием: пусть ребёнок будет благословенным, как пророк, и живёт полной жизнью.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединили к тюркскому имени. В тюркских языках (узбекском, казахском, татарском) имя Набижан встречается довольно часто, а вот фамилия Набижанов — уже результат русификации, характерный для народов Средней Азии и Поволжья, попавших в состав Российской империи. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Набижана» или «из рода Набижана».

Исторически носители фамилии могли быть потомками мулл, учителей или просто верующих людей, поскольку имя Наби (пророк) давали в семьях с религиозным уклоном. Встречается она преимущественно в Узбекистане, Таджикистане, а также среди татар и башкир. В русскоязычной среде фамилия редка и чаще всего её обладатели — выходцы из указанных регионов.

Стоит отметить, что в некоторых паспортных системах встречается вариант написания «Набижанов» через «а» в первом слоге, но это искажение: исходное тюркское имя пишется через «а». Надёжных сведений о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии нет — это скорее семейное именование, возникшее не раньше XIX века, когда у народов империи начали массово фиксировать фамилии по отчеству.