Фамилия Начис — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских суффиксов -ов или -ин, и на слух она звучит скорее как иноязычное заимствование. Однако если присмотреться к словообразовательной модели, становится ясно: это типичная украинская или южнорусская фамилия, образованная от прозвища с помощью суффикса -ис (вариант -ищ). В украинском языке суффикс -ище часто придаёт слову значение увеличения или места (городище, дворище), а в фамилиях он мог указывать на человека, связанного с этим местом или предметом.

Основа «нач» — скорее всего, усечённая форма от слова «начало» или «начинать». Прозвище Нач могли дать человеку, который был зачинателем какого-либо дела, первым в чём-то, или, наоборот, тому, кто постоянно что-то начинал, но не доводил до конца. В говорах слово «нач» могло означать и «зачинщик», «заводила». Вполне вероятна и версия от имени Нача — краткой формы от канонического имени Анастасий (греч. «воскресший»), которое на Руси нередко сокращали до Нач, Нача, Начка. Тогда фамилия Начис — это патроним, то есть «сын Начи», с характерным для украинской ономастики суффиксом -ис (-ищ), заменившим русское -ич.

Географически фамилия тяготеет к западным и центральным регионам Украины, а также к югу России, где исторически были сильны украинские говоры. Встречаемость её крайне низкая, что указывает на локальное происхождение — возможно, от прозвища одного человека в отдельном селе. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам у фамилии Начис нет: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по характеру или поступкам.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Начис стоит в одном ряду с Начин, Начков, Начко — все они образованы от той же основы, но разными суффиксами. Отличие фамилии Начис — в её редкости и в том, что она сохранила архаичную форму, не перешедшую в более распространённые модели. Для носителя фамилии это означает, что его предок, скорее всего, был заметным человеком в своей общине — зачинщиком, инициатором или просто человеком с именем Нача, которое со временем превратилось в фамилию.