Фамилия Начунаев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа фамилии — «Начун» — почти не встречается в русских именах или прозвищах, зато хорошо известна в этнонимии Кавказа. Наиболее вероятно, что перед нами фамилия, образованная от этнонима «начун» — одного из самоназваний чеченцев (наьчо, нахчой). В таком случае Начунаев буквально означает «потомок чеченца» или «выходец из чеченцев».

Модель образования проста: к основе «Начун» добавлен русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного). Фамилия, скорее всего, сложилась в среде смешанного населения — например, среди терских казаков или в кубанских станицах, где русские фамилии нередко давали по национальности предка. Аналогичные примеры — Чеченев, Черкесов, Татаринов.

Менее убедительна версия от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть слово «начун» (ср. тат. «начын» — «настоящий, подлинный»), но оно редко становилось личным именем. Кроме того, суффикс -ев в тюркской среде обычно заменяется на -ов, что делает эту версию слабее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные очаги — Ставропольский край, Кабардино-Балкария, Ростовская область. В дореволюционных метриках Начунаевы фиксируются среди государственных крестьян и казаков, что подтверждает гипотезу о формировании фамилии на пограничных территориях. Сословной элиты среди носителей не было — это фамилия простых людей, чей предок получил прозвание по этнической принадлежности.