Фамилия Начаев — одна из тех, где интуитивное толкование чаще всего ошибочно. На слух она кажется производной от глагола «начать» (начатый, начальник), но на самом деле её корень лежит в крестильном имени, а не в понятии «первый» или «глава».

В основе фамилии лежит каноническое имя Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). В русской народной традиции это имя подверглось сильному сокращению: через формы Игнат, Игнаха, Игнаша появился вариант Нач (отпало начальное И-). От этого короткого Нач с помощью уменьшительного суффикса -ай (как в именах Толмай, Малышай) образовалось прозвище Начай. Оно и стало прямым предком фамилии: Начаев буквально означает «сын Начая», то есть потомок Игнатия.

Суффикс -ев в фамилии (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й»: Начай → Начаев. Такая словообразовательная цепочка (Игнатий → Нач → Начай → Начаев) хорошо известна ономастам. Например, по той же модели возникли фамилии Назаров (от Назар) и Наумов (от Наум), но с другим типом сокращения.

Существует и менее вероятная версия, связывающая фамилию с прозвищем Нача — от глагола «начить» (начинать, затевать). В диалектах так могли назвать зачинателя, инициатора или просто расторопного человека. Однако эта гипотеза слабее, потому что в древнерусских документах фамилии на -аев (-аев) в подавляющем большинстве случаев восходят к именам на -ай, а не к глагольным основам.

С географической точки зрения фамилия Начаев распространена в центральных и южных регионах России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской областях, что косвенно подтверждает её народное, крестьянское происхождение от имени Игнатий, популярного именно в этих землях.