Фамилия Ничунаев — редкий образец русской фамилии, образованной через суффикс -аев. Эта модель указывает на то, что основа, скорее всего, происходит от прозвища или имени, оканчивающегося на -ай: Ничунай. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих) здесь присоединяется к основе, давая значение «сын Ничуная» или «потомок Ничуная».

Корень «Ничун-» не имеет прямого соответствия в канонических православных святцах, поэтому это точно не крестильное имя. Наиболее вероятное объяснение — прозвище, связанное с глаголом «ничуть» (нисколько, нимало) или с диалектным «ничуня» — так в некоторых говорах называли тихого, незаметного или обидчивого человека. Вторая, менее правдоподобная версия — искажение тюркского имени Ничун (от «нич» — «как?»), но для фамилии с русским суффиксальным оформлением это маловероятно, так как тюркские заимствования обычно давали фамилии на -ин или -ов без такого перехода.

Географически фамилия Ничунаев тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где встречаются схожие по звучанию фамилии (Ничутин, Ничуров). В документах XIX века носители фамилии фиксировались в основном среди государственных крестьян и однодворцев — сословий, где прозвища часто закреплялись в качестве фамилий без изменений.

С точки зрения словообразования, фамилия сохранила архаичную форму: суффикс -аев встречается реже, чем -ов или -ев, и часто указывает на прозвищное происхождение. Если бы основой было имя Ничун, фамилия звучала бы как Ничунов. Наличие -а- в суффиксе — верный признак того, что предка звали Ничунай, а не Ничун. Это прозвище могло быть дано человеку с характером «ничуть не спорщик» или «ничуть не злой», то есть подчёркивать его безобидность или покладистость.

В современных справочниках фамилия не частотна, но её носители встречаются в Ростовской области и Краснодарском крае, что подтверждает её корни в зоне расселения однодворцев — потомков служилых людей южных границ.