Фамилия Нечунаев, скорее всего, ведет свое начало от узбекского вопросительного слова nechun («нечун»), которое в переводе на русский язык означает «почему?, по какой причине?». Скорее всего, это слово легло в основу прозвища Нечунай, которое мог получить любопытный человек.