Фамилия Нечунаев образована от прозвища Нечунай, и в её основе, скорее всего, лежит узбекское вопросительное слово «нечун» — «почему?», «по какой причине?». Так могли прозвать любопытного человека, который постоянно допытывался до сути вещей, задавал много вопросов. Впрочем, прозвище могло закрепиться и за тем, кто имел привычку переспрашивать или удивляться, произнося это слово как междометие.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе прозвища Нечунай добавили патронимический суффикс -ев, указывающий на «сына Нечуная». Форма с суффиксом -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий звук «й», который смягчал последующий гласный. По той же модели возникли, например, фамилии Андреев или Тимофеев, но в случае с Нечунаевым исходное имя не календарное, а прозвищное.

Стоит оговориться: версия о восточном происхождении корня — не единственная, но самая правдоподобная. Менее убедительно выглядит попытка связать фамилию с отрицательной частицей «не» и глаголом «чуять» — мол, Нечунай тот, кто «не чует» (не слышит, не чувствует). Против этой гипотезы говорит то, что в русских говорах закрепилась бы форма Нечуев или Нечухин, а не Нечунаев. Узбекское же «нечун» органично ложится в основу прозвища, которое затем русифицировали, добавив типичное окончание.

Фамилия редкая, и в дореволюционных метрических книгах её носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где исторически было тесное общение русского населения с тюркскими и среднеазиатскими народами. Это косвенно подтверждает восточный след в происхождении прозвища. Сословной принадлежности первых Нечунаевых по самой фамилии не определить: её носили и крестьяне, и мещане, и казаки, что типично для прозвищных фамилий, возникших в среде простого люда.

Известных исторических личностей с этой фамилией ономастические справочники не фиксируют, поэтому говорить о знаменитых предках не приходится. Зато сама фамилия — хороший пример того, как чужое слово, попав в русскую речь, обрастало суффиксами и превращалось в устойчивый родовой знак. Сегодня Нечунаевы живут по всей России, но чаще всего — в тех же регионах, где фамилия появилась: в Оренбургской, Челябинской областях и Пермском крае.