Фамилия Нетунаев образована от мирского имени Нетунай. Такие имена на Руси давали не при крещении, а в быту, чтобы отличить человека в семье или общине. Основа имени необычна: это сочетание отрицательной приставки «не» и финно-угорского слова «туна», которое означает «прибывать». Получается, что имя Нетунай буквально переводится как «не прибывай».

Скорее всего, это имя носило обрядовый характер. В древности родители, у которых дети часто умирали или болели, давали новорождённому «защитное» имя с отрицательным значением. Считалось, что такая хитрость обманет злые силы: ребёнок с именем «не прибывай» им не нужен, а значит, его не тронут. Подобная традиция встречалась у многих народов, и имя Нетунай вписывается в этот ряд наравне с именами Ненаш, Некрас, Неждан.

Слово «туна» указывает на финно-угорский след. Это не случайно: русские земли издавна соседствовали с племенами мери, веси, муромы, и их языки оставили след в местных говорах и именах. Возможно, имя Нетунай возникло на северо-востоке Руси, где контакты с финно-угорским населением были особенно тесными.

Фамилия Нетунаев закрепилась по обычной для русских фамилий модели: к основе Нетунай добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность. Первоначально Нетунаев означало «сын Нетуная». Со временем имя исчезло из обихода, а фамилия осталась и донесла до нас память о древнем обрядовом имени.