Основой фамилии Нетунаев послужило мирское имя Нетунай. Мирское имя Нетунай происходит от отрицательной приставки «не» и фино-угорского слова «туна», которое означает «прибывать». То есть целиком имя Нетунай означает «не прибывай». Согласно этому возможно, что имя Нетунай имело обрядовый характер. К подобным именованиям может относиться и имя Нетунай. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нетунай, со временем получил фамилию Нетунаев.