Фамилия Неттунаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её главная загадка кроется в основе: она не укладывается в привычные модели русских фамилий от крестильных имён или профессий. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или искажённого географического названия.

Разберём словообразовательную модель. Фамилия построена по типу «основа + суффикс -ев» (вариант -ов после мягких согласных). Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Неттунаев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Неттунай. Само прозвище Неттунай — нестандартное для славянского уха, и здесь возможны два основных объяснения.

Первая версия — фонетическое искажение. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, пришлые названия и прозвища нередко переиначивали. Неттунаев могло возникнуть из финно-угорского или тюркского личного имени. Например, в карельском или вепсском языке есть корни, звучащие как «нетту» (сравните с финским «nettia» — «девица», «девушка»), но это лишь предположение. Намного вероятнее, что исходным было тюркское слово «нетту» или «нетте» в значении «слабый», «нежный» — такое прозвище могли дать физически хрупкому или болезненному человеку. Суффикс -ай в прозвище (Неттунай) типичен для тюркских языков и часто переходит в русские фамилии (сравните: Болтай, Толмай).

Вторая версия — топонимическая. Неттунаев мог быть человеком, пришедшим из места с похожим названием. В России есть несколько мелких речек и урочищ с корнем «Нетту» — например, река Нетту в Мурманской области (бассейн Колы). Выходец с такой реки мог получить прозвище Неттунай (по суффиксу -най, указывающему на отношение к месту), а затем фамилию. Эта версия объясняет редкость фамилии: она привязана к локальной зоне расселения.

С точки зрения сословной принадлежности, фамилии на -ев с неканонической основой чаще встречались у крестьян и мещан, реже — у казачества. Неттунаев — фамилия недворянская, её носители, скорее всего, были выходцами из северных или восточных регионов России, где активно шло смешение с местными народами.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет. Единичные варианты — Нетунаев, Нетунов — могут быть упрощёнными формами того же гнезда. Фамилия Неттунаев — пример того, как редкое прозвище или топоним, пройдя через народную этимологию, закрепилось в документах. Точного значения сегодня не установить, но ясно одно: её носители происходят из среды, где русский язык сталкивался с иноязычными влияниями — скорее всего, из северных губерний или Поволжья.