Фамилия Нечунаевы обычно разбирают через прозвище Нечунай, и в этом разборе есть как минимум две версии, которые стоит различать. Первая, самая распространённая в популярных словарях, выводит основу из тюркских языков, а конкретно из узбекского вопроса «нечун» — «почему?», «по какой причине?». Тогда прозвище Нечунай получает любопытный человек, который постоянно приставал к окружающим с расспросами. Эта версия объясняет и корень, и суффикс, но лингвистически она не бесспорна: в тюркских языках вопрос «почему» обычно не превращается в личное прозвище, а уж тем более в основу для русской фамилии.

Правдоподобнее выглядит вторая, чисто славянская трактовка. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, встречалось слово «нечунай» в значении «непослушный, своенравный, тот, кто не слушает». Оно образовано от глагола «чунать» — «слушать, слышать, понимать» с отрицанием «не». В этом случае фамилия означает «непослушный, упрямый человек», и такая семантика для прозвищ гораздо естественнее. Косвенно в пользу славянской версии говорит и сам тип фамилии: суффикс -ев при основе на мягкий согласный — стандартная модель для русских отчеств от прозвищ, заканчивающихся на -ай (ср. Нечунай → Нечунаев). Тюркская версия при всей своей экзотичности не объясняет, почему узбекское вопросительное слово вдруг стало личным именем, тогда как славянское прозвище ложится в эту модель без натяжек.

Исторический контекст, который приписывают фамилии, связан с Золотой Ордой и XV–XVII веками. Действительно, в ту эпоху многие русские дворянские роды имели тюркские корни, и фамилии с восточной основой среди знати не редкость. Однако для Нечунаевых таких подтверждений нет: родословные росписи с указанием на восточного родоначальника у этой фамилии не зафиксированы, и утверждение о её «ордынском» происхождении — это скорее дань популярному мифу, чем документированный факт. Если предки Нечунаевых и были выходцами из степи, то их прозвище всё равно успело обрусеть и попасть в фамилию уже по русской модели.

География бытования фамилии тоже говорит скорее о севернорусском или сибирском происхождении, чем о южном, ордынском. Фамилия встречается в старых переписях Вятской, Пермской и Томской губерний — регионах, куда тюркское влияние почти не доходило, зато диалектное слово «чунать» было в ходу. Так что, если перед вами Нечунаев, вероятнее всего, ваш предок — не потомок золотоордынского мурзы, а просто человек с характером, которого в деревне прозвали Нечунаем за нежелание слушать чужие советы.

Как бы то ни было, фамилия сохранила редкую основу, которая сегодня почти исчезла из живой речи. Даже если точное происхождение прозвища останется спорным, сам факт, что оно дожило до наших дней в виде фамилии, делает её любопытным памятником и русской диалектной лексики, и народной антропонимии.