Фамилия Накалюжин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а конкретное, почти бытовое прозвище. Она образована от слова «накалюжить» — в южнорусских и украинских говорах это означало «наделать луж», «налить воды», «залить». Прозвище Накалюга или Накалюжа могли дать человеку неаккуратному, который вечно разливал воду, небрежно работал с жидкостями, или, в переносном смысле, тому, кто постоянно создавал беспорядок.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Накалюжин — «сын Накалюжи» или «из семьи Накалюги». По модели образования это типичная русская фамилия, распространённая в основном в областях, где бытовал сам глагол «калюжить» (от «калюжа» — лужа, родственного украинскому «калюжа»). Встречается она преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на юге России и востоке Украины. В центральных и северных регионах фамилия почти не фиксируется: там использовали другие слова для обозначения лужи — «лужа» или «лужица».

Словообразовательный ряд простой и прозрачный: от «калюжа» (лужа) через приставку на- и глагольную основу получили прозвище, а затем и фамилию. Есть однокоренные, но более редкие варианты: Калюжин, Калюжный, Накалюжный. Последняя, кстати, более характерна для украинской среды, где «накалюжний» могло означать «находящийся у лужи» или «сделанный на скорую руку». Накалюжин же остаётся сугубо русским вариантом с чёткой притяжательной формой.

В дореволюционных переписях фамилия не фиксируется среди дворянских или купеческих родов. Скорее всего, её носители — потомки крестьян или однодворцев южных губерний. Фамилия не получила широкой известности, не связана с громкими историческими личностями, но сохранила в себе живую деталь народной речи и быта — ту самую «накалюженную» лужу, из-за которой предка когда-то прозвали.