Фамилия Нахмурушкина звучит настолько необычно, что сразу хочется разобрать её по частям. В ней слышится глагол «нахмуриться» — насупиться, стать хмурым. Но если бы фамилия происходила напрямую от этого слова, она, скорее всего, выглядела бы как Нахмуров или Нахмурин. Здесь же в середине вклинивается «ур», что выбивается из привычной словообразовательной модели.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Нахмурушка. Так могли называть человека с характерной внешностью или поведением: того, кто постоянно хмурил брови, был угрюм или задумчив. Суффикс -ушк- в русских прозвищах и фамилиях часто придаёт уменьшительно-ласкательный или даже шутливый оттенок (сравните: Ванюшка, Матюшка). То есть Нахмурушка — это не просто «хмурый», а «хмурый, но по-своему, может, не со зла». Фамилия образовалась от этого прозвища с помощью стандартного суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Нахмурушкин, то есть сын или потомок Нахмурушки.

Версия, что это искажённая форма от тюркского или финно-угорского имени, маловероятна: корень «хмур» здесь очевидно славянский, а «нахмуриться» — исконно русское слово. Фамилия эта редкая, и её география, скорее всего, ограничена центральными или северными областями России, где бытовали подобные прозвищные формы на -ушка. Встретить Нахмурушкину можно было скорее в крестьянской или мещанской среде: в среде, где прозвище закреплялось за человеком по его заметной черте, пусть и не самой лестной.