Фамилия Нахнаев — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти безошибочно. Её основа — тюркское имя или прозвище Нахнай. В тюркских языках (особенно карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) корень «нах» может означать «береги», «храни» или быть частью составного имени со значением «бережливый», «запасливый». Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от отчества: сын Нахная.

Почти наверняка фамилия имеет северокавказские корни. В Дагестане, Чечне, Ингушетии и среди терских казаков фиксируются фамилии с основой «Нах-». Учитывая, что фамилия оканчивается на -ев, а не на -ов, это может говорить о том, что исходное имя или прозвище было мягким или оканчивалось на -й (Нахнай). В русской традиции такие основы давали суффикс -ев, а не -ов.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с арабским «нахль» — «пальма». Но в русских фамилиях арабские корни обычно проходят через тюркское или кавказское посредничество, так что исходный смысл мог измениться до неузнаваемости. Прямых параллелей с однокоренными фамилиями в центральной России нет — это подтверждает, что фамилия Нахнаев локальная, скорее всего, горская или степная, а не славянская по происхождению.

Сословно предки носителя фамилии могли быть как вольными горцами (узденями), так и казаками, поскольку на Кавказе фамилии на -ев нередко получали и те, и другие. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в Терской области, реже — в Ставропольской губернии. Носители, как правило, были мусульманами или православными из числа крещёных горцев, но точных данных о конфессии без генеалогического поиска нет.

Коротко: фамилия Нахнаев — это отчество от тюркского или кавказского личного имени Нахнай, образованное по русской модели. Предки жили на Северном Кавказе, возможно, в Дагестане или Чечне, и занимались скотоводством, земледелием или несли казачью службу.