Фамилия Нахолин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного отчества от крестильного имени или названия профессии. Чтобы понять её корень, стоит отвлечься от современного глагола «нахал» (грубиян) и присмотреться к диалектам.

Скорее всего, в основе фамилии лежит слово «нахол» или «нахолок». В русских говорах, особенно северных и сибирских, так называли приёмыша, подкидыша или найдёныша — ребёнка, которого «нашли» (сравните с глаголом «находить»). Другое, более прозаичное значение — «нахол» могло быть прозвищем человека, который постоянно что-то находил, подбирал, или же того, кто жил нахлебником, приживалом. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Нахола.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с топонимом. В некоторых регионах есть речки и урочища с названием Нахолка или Нахол — от финно-угорского или балтского субстрата. Тогда Нахолин — это «выходец с реки Нахоли». Однако для русских фамилий такая модель образования (от названия мелкого водного объекта) встречается реже, чем от прозвища.

В отличие от фамилии Нахалов, которая напрямую связана с грубостью (от слова «нахал» в значении «дерзкий»), Нахолин почти наверняка происходит от более нейтрального или даже бытового прозвища. Географически фамилия встречается точечно, в основном в центральных и северных областях России, и не имеет массового распространения. Это говорит о том, что предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а само прозвище закрепилось за одним родом в конкретной местности.