Фамилия Наболин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, местное прозвище, связанное с глаголом «наболеть». В говорах «наболеть» означало «причинить боль, наделать хлопот, надоесть». Человек, получивший такое прозвище, мог быть беспокойным, назойливым или, наоборот, тем, кто постоянно жаловался на здоровье. Вторая, менее вероятная версия, отсылает к диалектному слову «набола» — так в некоторых областях называли нарост или шишку на дереве. Прозвище Набола могли дать человеку с заметной физической особенностью, например с шишкой на лбу или с горбом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Наболин, то есть сын или потомок Наболи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а. Морфологически фамилия проста: корень «набол-» и патронимический суффикс «-ин». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Набо́лин.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где сохранялись архаичные говоры. Встречается она крайне редко, что подтверждает её происхождение от индивидуального прозвища, а не от массового крестильного имени. В дореволюционных переписях Наболины могли числиться в крестьянской или мещанской среде — сословная принадлежность для такой фамилии не прослеживается.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Наболов или Набольшин, показывает, что все они образованы от одной глагольной основы, но с разными суффиксами. Наболин — наиболее прямая форма, без промежуточных притяжательных суффиксов, что делает её одной из самых старых в этом ряду.