Фамилия Нахрачев образована от прозвища Нахрач, и корни её уходят в хантыйский язык, а не в русскую лексику. Прозвище, скорее всего, представляет собой искажённое «Нохращь», которое восходит к хантыйскому сочетанию «нох ращь» — в переводе «брат кедра». Для северных народов кедр — символ силы, неподкупности, достоинства и долговечности, поэтому Нахрачем могли прозвать человека, обладающего именно такими качествами.

Хантыйский язык относится к обско-угорским языкам, входящим в угорскую ветвь финно-угорской языковой семьи уральской языковой семьи. В основу современного официального названия народа — ханты — положено самоназвание, которое означает «человек», хотя его этимология не вполне ясна. Одни исследователи связывают это слово с названием реки Конда, другие — с венгерским had («войско, семья, род»), третьи — с финским kunta («община»). Говоря о себе или о других, ханты обычно называют местность проживания — селение, реку, район или социальную группу, дают «привязку» по почитаемому духу.

Финно-угорское влияние на русскую культуру прослеживается в географической топонимике (Москва, Ока, Сылва, Протва, Сосьва, Лозьва, Муром, Весьегонск), в великорусском антропологическом типе, в говоре, в мифологии (водяные, лешие, русалки — калька с финских представлений), а также в хозяйственных промыслах и быте — парная баня, печи-каменки. Основа для прозвища Нахрач, по всей видимости, проникла на русскую почву благодаря тесным связям хантов со славянами: последние мигрировали через финно-угорские поселения, а смешанные браки сопровождались переходом целых родов у мери, мещеры и муромы на единый язык.

Большинство финно-угров крестились по православному обряду, принимали русские имена и фамилии. Так потомок человека, обладающего прозвищем Нахрач, со временем получил фамилию Нахрачев. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли сына, внука или потомка Нахрача. Само прозвище в русском звучании подверглось упрощению — «нох ращь» превратилось в более привычное для славянского уха «Нахрач», что объясняет необычное сочетание звуков.