Фамилия Наквакина — женская форма фамилии Наквакин, и её происхождение напрямую связано с редким и очень конкретным прозвищем. В основе лежит диалектное слово «наквака», которое в некоторых русских говорах означало «лягушка» или «квакушка». Прозвище Наквака могли дать человеку с хриплым, «квакающим» голосом, либо, в переносном смысле, болтливому и надоедливому собеседнику. Слово образовано от глагола «квакать» с приставкой «на-», указывающей на интенсивность или завершённость действия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наквакин — «сын Накваки». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин закрепился именно за основами на -а. Это одна из древнейших моделей русских фамилий, характерная для северных и центральных областей России, а также для Поволжья.

Интересно, что фамилия Наквакин — редкая, и её географическая привязка довольно узкая. По данным открытых источников, основные очаги фамилии находятся в Вятской губернии (современная Кировская область) и в Пермском крае. Это регионы, где сохранилось много архаичных диалектных слов, и где прозвища часто давались по яркой, запоминающейся черте — будь то внешность, голос или манера поведения.

В ономастическом плане фамилия примечательна тем, что её основа не имеет ничего общего с «накваской» (закваской для теста) или другими хозяйственными терминами. Версия о связи с «квасить» или «квашня» — ошибочная, так как в русских говорах слово «наквака» устойчиво обозначало именно земноводное. Поэтому предка по фамилии Наквакин стоит представлять не как пивовара или пекаря, а скорее как обладателя необычного голоса — либо как человека, жившего у болота и получившего насмешливое уличное прозвище.

Родственных фамилий, образованных от того же корня, практически нет. Можно встретить разве что Квакин или Квашнин, но они происходят от других основ. Наквакин стоит особняком — это редкий случай, когда прозвище сохранилось в почти неизменном виде, не переосмысленное и не «облагороженное» книжными суффиксами.