Фамилия Налабордина — женская форма, мужская, соответственно, Налабордин. В основе, скорее всего, лежит прозвище Налаборда, которое могло принадлежать человеку, имеющему отношение к лодке-долблёнке, называвшейся в северных русских говорах «набо́рда», «на́борда» или «на́болда». Это слово, в свою очередь, восходит к глаголу «набодать» — выдолбить, вытесать. Считается, что «наборда» — это челн, выдолбленный из цельного ствола дерева, или просто грубо сколоченная лодка.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -а плюс притяжательный суффикс -ин (Налаборд-ин), указывающий на принадлежность потомку человека с таким прозвищем. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В данном случае прозвище Налаборда могло трансформироваться в Налабордин под влиянием диалектного произношения, где «а» и «о» в безударном положении не различаются (аканье). Поэтому исходная форма могла звучать и как Нолоборда.

Сама фамилия — редкая и, по всей видимости, имеет северное или северо-западное происхождение, где лодки-долблёнки были распространены до XX века. Предок носителя фамилии мог быть лодочником, плотником, строителем лодок или просто человеком, получившим прозвище за манеру грести или за владение такой лодкой. Альтернативная, но менее вероятная версия связывает основу с диалектным словом «налабордить» — сделать что-то наспех, кое-как, то есть прозвище могло относиться к небрежному работнику. Однако связь с лодкой-долблёнкой выглядит более конкретной и убедительной.