Фамилия Налигацкий — редкая и неочевидная. Если сразу попытаться выделить корень, на ум приходит «лига» или «лигать», но это ложный след. Чтобы понять происхождение, стоит посмотреть на суффикс. Окончание «-цкий» указывает на польскую или западнорусскую (белорусскую, украинскую) модель образования. Такие фамилии обычно давали по названию местности: человек, который откуда-то родом, становился, например, Заблоцкий (из-за болота) или Островский (с острова). Налигацкий, скорее всего, тоже топонимическая фамилия.

Вероятная основа — название населённого пункта вроде Налигачи, Налигацы или Налигацк. На картах такие топонимы встречаются редко, но они возможны в исторических землях Речи Посполитой — на территории современной Беларуси, западной Украины или восточной Польши. В этом случае предок носителя фамилии был либо владельцем такого места (шляхтич), либо выходцем из него (крестьянин или мещанин, которого записали «с Налигац»).

Есть и другая версия, более прозрачная для русского уха. В говорах слово «налигать» могло означать «надевать хомут», «запрягать», «накидывать петлю» (сравните с диалектным «лига» — верёвка, силок). Тогда прозвище Налига — человек, который налигает, то есть запрягает лошадей, или же, в переносном смысле, тот, кто «надевает ярмо» на других, заставляя работать. От этого прозвища через суффикс принадлежности «-цкий» и могла образоваться фамилия. Однако такая версия менее вероятна: суффикс «-цкий» редко крепится к прозвищам-глаголам, почти всегда — к географическим названиям.

В сословном плане фамилия не даёт однозначного ответа. Носители Налигацких могли быть и мелкой шляхтой (особенно если предок владел фольварком с таким названием), и простыми крестьянами, которых переписчик «ошляхтил» суффиксом. В современных источниках фамилия встречается очень локально, что подтверждает её привязку к одной конкретной местности, а не к широкому роду занятий.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что Налигацкий — «человек из Налигац». Где именно стояла эта деревня или хутор, сейчас сказать сложно, но искать корни фамилии стоит в западных областях России, а также в Беларуси и на Украине.