Фамилия Наливаико сразу обращает на себя внимание характерным украинским суффиксом -енко, который в данном случае редуцировался до -айко. Это типичная модель для фамилий, образованных от глагольных прозвищ: основа «наливай» (повелительное наклонение от «наливать») плюс суффикс -ко, который в украинской ономастике обозначал потомка или носителя признака. Буквально: «тот, кто является потомком Наливай» или «человек, связанный с Наливаем».

Корень здесь — глагол «наливать», и прозвище Наливай могло закрепиться за человеком по нескольким сценариям. Самая прямая версия: так называли щедрого человека, который не скупился на угощение, особенно на спиртное. В народной среде «наливай» — это и призыв, и характеристика. Менее очевидный, но более интересный вариант: прозвище могли дать шинкарю или корчмарю — тому, кто профессионально разливал напитки. В условиях казацкой Украины XVII–XVIII веков шинкарь был заметной фигурой, и его занятие легко превращалось в фамильное имя.

Географически фамилия Наливаико почти целиком привязана к левобережной и центральной Украине — Полтавщине, Черкасщине, Киевщине. Это область, где активно работала модель прозвищ на -ай, -айло, -айко. В России фамилия встречается редко и, как правило, у потомков украинских переселенцев времён Российской империи. Интересно, что в белорусском языке существует параллельная форма «Налівайка» с тем же значением.

Стоит упомянуть и возможную связь с историческим лицом — Северином Наливайко, предводителем казацкого восстания 1594–1596 годов. Однако прямая фамильная преемственность маловероятна: после подавления восстания фамилия Наливайко могла стать «неудобной», и её носители встречаются в документах позже, но уже как рядовая крестьянская или казацкая фамилия без героического подтекста. Скорее всего, большинство Наливайко получили свою фамилию от бытового прозвища, а не от знаменитого тёзки.

Суффикс -айко в украинских фамилиях встречается реже, чем стандартное -енко, что делает Наливайко более локальным и колоритным вариантом. Если бы фамилия оформлялась по польской модели, она звучала бы как Наливайский, а по русской — Наливаев. Выбор именно суффикса -айко указывает на глубокие народные корни и, скорее всего, на непривилегированное происхождение: такие фамилии редко встречались у шляхты, зато были обычны среди казаков и крестьян.