Фамилия Намыкин — один из тех случаев, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с рекой или водным путём. Разбираем её по составу: корень «Намык-» и суффикс «-ин», указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Намыки). Суффикс «-ин» в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому исходное прозвище звучало как Намыка.

Самая прямая и правдоподобная версия отсылает к гидрониму — названию реки Намык. Такая река есть в Якутии, правый приток Алдана (бассейн Лены). В этом случае Намыкой называли человека, который жил на этой реке или пришёл с неё. Для русского населения Сибири и Дальнего Востока, осваивавшего новые земли в XVII–XIX веках, прозвища по названиям рек — обычное дело: так появлялись Амурские, Ленские, Иртышёвы. Намыкин, следовательно, мог быть выходцем с берегов реки Намык.

Менее очевидная, но допустимая версия — связь с тюркским или монгольским словом «намык» (мир, тишина, спокойствие). В этом случае прозвище Намыка могли дать человеку с тихим, мирным нравом. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку к северо-востоку России, где тюркское влияние минимально; во-вторых, суффикс «-ин» при такой основе (Намык) дал бы форму Намыков, а не Намыкин. Форма на «-ин» как раз и указывает, что основа оканчивалась на гласный — Намыка.

Таким образом, с высокой долей вероятности фамилия Намыкин — это «речная» фамилия. Предок носителя получил прозвище по месту жительства или прежнему месту обитания — реке Намык в Якутии. Сама фамилия редкая, в центральных областях России почти не встречается, что косвенно подтверждает её сибирское происхождение. Других версий, например, от православного имени или ремесла, в данном случае не просматривается.