Фамилия Напха — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке слова «напха» нет, и на слух она воспринимается как иноязычная. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая с Кавказа или из Средней Азии. В осетинском, например, есть слово «нæфс» (репа) или личное имя Наф, а в тюркских языках — «нап» (честь, достоинство) с аффиксом принадлежности. Если фамилия осетинская, то она могла образоваться от прозвища по роду занятий (огородник, торговец репой) или от имени предка. В тюркском варианте Напха означало бы «его честь» — такое прозвище могли дать уважаемому человеку или, наоборот, иронично.

Формальный разбор показывает, что фамилия не имеет русского суффикса (-ов, -ин, -ский). Это указывает на её позднюю фиксацию в документах или на сохранение исходной национальной формы. Встречается Напха преимущественно в южных регионах России и на Северном Кавказе, что подтверждает гипотезу о неславянском корне.

Есть и другая версия, хотя и менее вероятная: фамилия могла возникнуть как искажённое «Нафха» от арабского «нафха» (дуновение, аромат). Но для русского уха такое объяснение звучит натянуто, и письменных подтверждений ему нет.

Самое правдоподобное: Напха — это фамилия-прозвище, закреплённая за одним родом, возможно, выходцем из Осетии или тюркских народов. Носители такой фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а сама фамилия передалась без изменений, минуя типичную русскую модель словообразования.